A commencer par ce nom qui lui fut attribué, « Mazagan » est un nom qui serait issu du toponyme berbère “Mazighan”, qui signifie “eau du ciel”. Un terme qui serait, selon certains, employé dans la région pour désigner les puits destinés à recueillir les eaux de pluie... Mais selon le géographe Al Idrissi, qui écrivit le nom de la ville en arabe sous le nom de Mazighan au 10ème siècle, ce terme signifierait « meules ». André Privé suppose, quant à lui, que le mot est d'origine portugaise, et qu’après sa destruction, la ville a été appelée Al Mahdouma, « la démolie », pour adopter enfin le nom d'El Jadida (« la nouvelle » ou « la neuve ») après avoir été reconstruite.
Au début du 15ème siècle, les Portugais auraient trouvé une petite tour en ruine abandonnée, qui aurait été utilisée auparavant comme poste de garde appelé « El Brija » qui est le diminutif de « borj ». Lors de la construction de la première citadelle, ils l’appelèrent « Castello real », puis provisoirement, « Sào Jorge » après la reconstruction de la forteresse.
Il faut noter que les portugais visaient l'expansion de leur route de commerce à travers le Maroc qu’ils considéraient comme le deuxième Algarve portugais, du fait que le Royaume faisait géographiquement face à l’Algarve européen. Ils y étaient donc fortement attachés, aussi bien économiquement que militairement. Les îles de Madère, des Açores et du Cap vert complétaient, de par leur proximité, le triangle atlantique naval, économique et militaire portugais.
Ainsi, dès le 14ème siècle le Portugal se lance dans une vaste entreprise de découvertes des îles et du littoral de l'Atlantique Sud, qui leur permettrait de contourner l'Afrique et rejoindre l'Océan Indien, afin de développer ainsi les échanges commerciaux florissants avec l'Inde. Ce qui a engendré la nécessité d'implanter des lieux d’escales le long de cette route maritime, pour le ravitaillement de leurs navires.
Après avoir tenté une première fois, en 1509, d'installer leur autorité en édifiant un petit fort carré muni de quatre tours autour de la vieille tour de garde en ruine appelée El Brija (Castello Real), c'est en 1514, suite à la conquête d’Azamor, (l'actuelle Azemmour), que les Portugais s’installèrent dans la région.
En 1541, cette cité implantée à la frontière entre la chrétienté et l'Islam devint la première cité idéale de la renaissance hors d'Europe. Quelque 2000 personnes s’y installèrent jusqu'à son abandon par les Portugais, en 1769, sur ordre du pouvoir royal portugais.
Après le siège de Mazagan de 1561, organisé par le Sultan Saâdien Moulay Abdallah, il n'y eut plus de guerre menée contre la forteresse, jusqu'en 1768, où le Sultan Alaouite Sidi Mohamed Ben Abdellah, fort d'une armée de 75 000 soldats et de 44 000 sapeurs, fut bien décidé à reprendre cette cité, pour en faire un symbole de son ambition de consolidation de l'Empire Chérifien.
Malgré que la cité soit totalement assiégée, la résistance des mazaganais qui ont subi les pires privations révéla l'héroïsme de ces derniers qui en sortirent victorieux.
Un accord de paix fut signé entre le Maroc et le Portugal. Surtout que les frontières du Brésil étaient menacées au Sud et au Nord, et que la royauté portugaise ne considérait plus la conquête de l'Afrique du Nord comme un enjeu politique, et que Lisbonne n’accordait plus de soutien à Mazagan qui était en totale dégradation et d'abandon, ravagée par la famine et par les épidémies.
La pression du Sultan Sidi Mohamed Ben Abdallah, ainsi que le chantier de la reconstruction de Lisbonne, entièrement détruite en 1755 par un tremblement de terre, devinrent l'occasion rêvée pour le Portugal de se retirer définitivement et dignement du Maroc.
Une trêve fut observée pendant laquelle cela a permis aux 2600 habitants de Mazagan de pouvoir rejoindre la Porte de la mer.
Ils emportèrent leurs effets personnels ainsi que les ornements religieux de la ville, et leur rage fut telle qu’ils détruisirent tout avant leur départ et firent exploser la porte du Gouverneur de telle sorte que la cité devint impraticable et inaccessible par voie terrestre durant des années. Elle fut alors baptisée Al Mahdouma (la démolie).
Les 14 bateaux larguèrent les amarres le 11 mars 1769, avec pour projet la reconstruction d’une ville identique sur les terres brésiliennes.
Après un passage transitoire de six mois à Lisbonne, ils reprirent la mer en direction de l'Amazonie le 15 septembre 1769, pour une nouvelle aventure, en emportant avec eux la mémoire de cette Mazagan marocaine.